近几年来，民办教育作为一个新兴产业，陆续在各地涌现，成为现代教育产业的重要补充，但在税收管理上却一度是一个盲区，随着《财政部 国家税务总局关于加强教育劳务营业税征收管理有关问题的通知》财税[2006]3号文的下发，对学校收费营业税问题得到了较为明确的解决，但在所得税的政策上规定的还不十分明确，各地之间理解也不一致，给税务机关征管带来很大的矛盾。
经调查，现行民办学校由县（市）级教育主管部门批准成立，经民政部门登记发放“民办非企业单位登记证书”，按一定比例向县教育局上缴管理费，收入未纳入财政预算管理。现笔者结合本地实际，就民办学校所得税问题粗浅探讨如下：
一、有关民办学校税收政策的规定
根据《中华人民共和国民办教育促进法》第四十六条：“民办学校享受国家规定的税收优惠政策。” 根据《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》第三十八条：“捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策。出资人要求取得合理回报的民办学校享受的税收优惠政策，由国务院财政部门、税务主管部门会同国务院有关行政部门制定。民办学校应当依法办理税务登记，并在终止时依法办理注销税务登记手续。”
目前， 国家税务总局对教育劳务所得税的政策主要为：《财政部 国家税务总局关于教育税收政策的通知》（财税[2004]39号）和《财政部 国家税务总局关于加强教育劳务营业税征收管理有关问题的通知》（财税[2006]3号）。财税[2004]39号文第一条第五项“对政府举办的高等、中等和初等学校（不含下属单位）举办进修班、培训班取得的收入，收入全部归该学校所有的，免征营业税和企业所得税。”第一条第十项“对学校经批准收取并纳入财政预算管理的或财政预算外资金专户管理的收费不征收企业所得税；对学校取得的财政拨款，从主管部门和上级单位取得的用于事业发展的专项补助收入，不征收企业所得税。”。公办学校之所以不缴纳所得税，就在于其成立时是财政拨款，收入全部归该学校所有，收入也纳入财政预算。
在优惠政策适用方面，笔者认为：
1、如办学章程中注明出资人不要求取得合理回报，且帐务上也未进行收入分配的，应按照《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》第三十八条规定执行，不征所得税。
2、如办学章程中注明出资人不要求取得合理回报，但办学者个人实际取得所得或将办学所得用于个人消费的部分，则按照《中华人民共和国个人所得税法》第二条及其《实施条例》第八条第二项第二款规定：对于个人经政府有关部门批准，取得执照，从事办学取得的所得，应按“个体工商户的生产、经营所得”应税项目计征个人所得税。
3、如办学章程中注明出资人要求取得适当合理回报的，但不符合财税[2004]39号文规定，收入未纳入财政预算管理的，则应按国家税务总局关于印发《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》的通知国税发[1999]65号规定对该学校进行所得税管理。如财务核算与税收规定要求差异太大（一般学校都按学期收费核算，未按税收会计年度核算盈亏）或拒不接受税务机关检查，按核定征收有关规定处理。
二、关于民办学校所得税纳税主体资格的理解
根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》（中华人民共和国国务院令第251号）的规定：准予登记的民办非企业单位，根据其依法承担民事责任的不同方式，分别发给《民办非企业单位（法人）登记证书》、《民办非企业单位（合伙）登记证书》、《民办非企业单位（个体）登记证书》。
根据民政部《关于民办学校民事主体资格变更有关问题的通知》（民函[2005]237号），要求合伙、个人性质的民办学校应将依法变更登记为法人主体资格。但实际却有许多学校并未向民政部门办理相关主体变更手续，仍然使用原登记证件。
在所得税纳税主体方面，笔者认为总体应区别两种情况对待。
1、对在民政部门登记为法人的，应作为企业所得税的纳税主体对待。
2、对在民政部门登记为合伙或个体的，应作为个人所得税的纳税主体对待。
3、对于应向民政部门办理民办学校民事主体资格变更手续却未办理的，应视同其仍为原合伙或个体资格，按照《个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）实施个人所得税管理。
综上所述，税务机关应积极对民办学校实施所得税管理，并应进一步细化相关征管措施，将应征的国家税收及时足额征收缴入国库。