生态林业的主要功能是涵养水源、保持水土、防风固沙、调节气候、净化空气等，对水利工程蓄水、保水、防止泥沙淤积、延长水利工程使用寿命有巨大作用，对农牧业高产稳产起屏障作用。
生态林业是特殊林业，生产周期长，需要投入巨额资金。然而目前生态建设没有可靠资金来源，资金问题已成为公益林建设的最大难题。现行生态林的价值循环以及资金循环和周转是不完全的、不正常的，社会应付给他们应得的报酬，予以补偿。
森林生态效益补偿是符合现代林业论的要求。生态林业是现代林业的基本经营模式，其目的是发展现代生态经济生产力。生态林业的本质涵义是生态与经济协调发展的林业，其本质特征是自然和人工森林生态系统的生态平衡，它包含合理利用资源和保护生态环境。
补偿机制是实现生态林资产化管理的前提。生态林之所以难以进行资产化管理，就在于生态林是以保护、控制、稳定、改善生态环境为主要经营目的的林种，由于生态功能具有外部公共性，生态功能很难在市场上交换流通，也就无法使生态效益与它的成本费用－营造生态林的成本费用配比起来，也就无法从市场角度进行保值、增值的资产化管理。
森林生态效益补偿符合价值规律和市场规律的要求。商品有价、服务收费是市场经济的基本特征。用材林、经济林和薪炭林可通过价格得到补偿；防护林和特种用途林等生态林应该得到补偿。森林的生态效益和社会效益所产生的价值比它的直接经济效益高得多。如我国森林一年可蓄水及涵养水量约3470亿t，相当于我国水库总容量4660亿t的75％；每年减少江河湖库的泥沙淤积量约76.8亿t。由于森林生态效益和社会效益是在无形中发挥作用的，这部分投资得不到回收，给林业的发展带来不利的影响。
在市场经济体制下，确立生态林业产业的独立地位，使它商品化、市场化，以及建立与之相配套的资源价格体系、核算体系、税收体系、信贷政策体系和市场运行机制等，是解决林业经营管理费用的重要途径。研究生态林补偿政策的目的是把森林环境资源核算纳入国民经济核算体系，将森林物质资源核算进行综合研究，提出国家实施方案，并与新的国民经济核算体系接轨，才能有效地解决林业持续问题。对生态林进行量化研究，在价值方面提出一套较为完整的核算方案来反应森林资源与森林环境为社会作出的贡献，并作出适当补偿，可以为林业主管部门提供决策依据。
2.生态林业补偿的客观依据
2.1 理论依据
按照马克思的劳动价值论，任何商品必需同时具备三个条件：一是劳动产品；二是有使用价值；三是生产的目的不是为了自身消费，而是为了交换。生态林的培育过程中，凝结着大量的物化劳动和活劳动；其次是这些劳动产品具有商品的两个基本属性，及具有使用价值和价值，向社会提供大量的不同规格的用材和多种生态效益和社会效益，森林的价值就是在培育和生产森林的过程中凝结在商品中的无差别的人类劳动；生态公益林并不具备交换条件，及生态公益林并没有通过市场交换来提供生态功能，为社会服务。按照马克思对商品的定义，生态公益林并不是商品。但是国家为了维持生态公益林的持续发展，通过政府行为对其进行价值补偿，即通过政府行为实现其社会价值完成了生态公益林的价值交换。在这一特殊情况下，生态公益林才成为特殊商品，西方学者称之为社会公共商品。
凡是具有使用价值的物品，不一定都能产生效益，关键取决于科学技术水平使人们对这些物品的认识和利用程度。因而森林生态功能不等于森林生态效益，只有被利用的生态功能才能发挥效益。所以森林生态效益是森林生态功能为社会部门所提供的生产和生活条件而反应出来的，或者说，这种效益是由森林生态功能转化而来的。
马克思的地租理论对研究林地的有偿使用有很重要的借鉴意义：一是目前存在的级差地租。林地的肥沃程度和林地位置的差异，要求不断对林地进行追加投资，这种追加投资必然出现劳动生产率的差异。二是仍然存在着形成级差地租的社会经济条件。土地的经营垄断，与林地的差异结合在一起时，级差林地收入就必然转化为级差地租。三是林地的绝对地租是客观存在的。因为，从绝对地租形成的条件和来源看，林业生产力水平仍大大低于工业，这表明，在同量固定资产的情况下，林业部门比工业部门能够更多地推动活劳动，创造更多的新价值，所以在林业资金的有机构成大大低于工业的条件下，林产品的价值必然大于其社会生产价格，其差额就是构成绝对地租实体的那部分超额利润；从绝对地租形成的原因来看，目前仍然存在着林地所有权的垄断，并要求在经济上加以实现；从林地所有权与使用权的关系看，我国仍然存在着林地所有权的分离，这是绝对地租形成的前提。林地是土地的重要组成部分，直接对林地有偿使用的理论依据的研究还很少。林地虽属自然资源，它有偿使用的理论依据，应遵从自然资源价值决定基础的理论，尤其是土地资源价值决定基础的理论，但应有特殊性；应当从林地的社会经济关系、林地的价值形成、林地的价值本质、形成条件以及价值形成的基础去研究，探讨林地有偿使用的理论依据。
2.2 法律与政策依据
2.2.1《中华人民共和国森林法》
《森林法》第六条规定：“征收育林费，专门用于造林育林”，“建立林业基金制度”。自1953年建立育林基金制度以来，对我国用材林的发展起到了很大作用，随着社会经济的发展，生态环境问题越来越突出，改善和保护生态环境已成为一项十分紧迫的任务，因此，建立森林生态效益补偿制度，征收森林生态效益补偿费作为培育生态林费用应该说是时候了。 2.2.2 中央有关通知、报告和决定
如《关于保护森林发展林业若干问题的决定》（中发〖1981〗12号）指出：“建立国家林业基金制定”；适当提高（除黑龙江、吉林、内蒙林区外）集体林区和国有林区育林基金和更改资金的征收标准，扩大育林基金征收范围，具体办法由林业部、财政部拟定”。据此，不少省区的林业部门要求把征收育林基金范围扩大到防护林和经济林等生态林。《国务院批转国家体改委关于一九九二年经济体制改革要点的通知》（国发〖1992〗12号）也明确指出：“要建立林价制度和森林生态效益补偿制度，实行森林资源有偿使用”。1992年9月10日《关于出席联合国环境与发展会大的情况及有关对策的报告》（中办发〖1992〗7号）第七条“运用经济手段保护环境”，就强调提出了“按资源有偿使用的原则，要逐步开征资源利用补偿费，并开展对环境税的研究”。1993年国务院《关于进一步加强造林绿化工作的通知》指出：“要改革造林绿化资金投入机制，逐步实行征收生态效益补偿费制度”。
2.2.3 《水法》、《矿产资源法》、《渔业法》、《土地管理法》等相关法律法规中的规定
《水法》第三十四条：“使用供水工程供应的水，应当按照规定向供水单位缴纳水费”；“对城市中直接从地下取水的单位，征收水资源费；其他直接从地下或者江河、湖泊取水的，可以由省、自治区、直辖市人民政府决定征收水资源费”。
根据上述法律和政策的条款，可以确认：作为主要由人工培育的生态林资源，他们具有的生态和社会效益更需要得到经济补偿。为了加快造林绿化和林业发展，林业部决定逐步实行征收森林生态效益补偿制度，例如，1994年12月向国务院提交了《关于将部分森林生态效益补偿费列入水利工程供水生产成本的报告》。建议：在制定《水利工程供水价格管理办法》时，请国务院批准，将森林生态效益补偿费作为工程供水价格的构成部分，通过在水利部门收取的水费上附加的办法收取。
3.生态林业补偿制度的设想
建立生态林业补偿制度的总原则是：征收对象的泛围由小至大；征收的标准由低到高，设计到农民切身利益的，可少征或不征；征收的环节应尽量减化；征收的资金实行适当集中与分级管理相结合的原则。
3.1征收范围和对象
生态林的收益对象不仅仅是依靠生态公益林的生态和社会效益、从事生产经营活动、有直接收入单位，而且包括受益地区内的所有其他产业部门及居民，他们的受益程度远比依靠生态公益林取得经济效益的经营单位大得多。因此，征收森林生态和社会效益补偿费，均属于资源补偿性的收费。凡受益于各类防护林和特种用途林或依靠这些森林资源从事各项生产经营活动的单位和个人，均属被征收对象，都必须缴纳森林生态和社会效益补偿费。根据国家目前的现实情况，可考虑先对有经营收入的大中型水库、大中型水利发电厂(站)、大中城市自来水厂(公司)、以森林经管为依托的风景旅游区的经营单位和个人及内河航运企业、淡水养殖、采集林区野生植物资源、林区附近的煤矿等征收森林生态和社会效益补偿费。
生态林业补偿渠道有国家补偿、社会补偿、市场补偿。国家补偿渠道，应建立公益资源储备；社会补偿渠道，由国家向受益单位、个人征缴一定量的税、费，然后再由国家根据具体情况，补给公益林生产者；市场补偿渠道，推销有形林产品或服务性收入，具有不稳定性。国家补偿渠道才是公益林生产补偿中最重要的部分。
生态林业补偿的内容，除了林地补偿费、林木补偿费、林地安置补助费、森林植被恢复费外，还包括林地损失补偿费、林地附着物补偿费、林区设施补偿费、承担林地开垦补偿费、森林资源涵养水源补偿费和森林资源社会受益补偿费(有利于物种多样性的繁衍及相互抗衡，而且也给予毗邻地区产生间接经济效益，还有益于后代)。
3.2 征收标准与方法
补偿总标准应是公益林生产经营过程中所消耗的社会平均成本。关键是要确定出公益林社会平均成本的水平。在确定具体附加的幅度和计征的标准时，要认真核算并充分考虑到被征收单位和个人的经济承受能力。可参照国内一些成功的经验。对有水费收入的水库、水利发电厂(站)、城市自来水厂(公司)、风景旅游区、风沙区的煤矿，特别是露天煤矿，可分别在原水费、电费、门票和煤价的基础上附加一定的数额或比例计征；在风景旅游区内从事的服务项目，可按其营业额的一定比例计征；对风沙区的露天煤矿可按其每年采煤收入的一定比例计征；对在林区采集野生药材、食用菌、人参、编织等植物资源的数量，按当地市场收购价的一定比例计征；对进入林区养蜂的可按每次每箱每月征收一定数额；为照顾农民利益，减轻农民负担，对于农田灌溉用水、用电应少征或不征。
3.3 补偿费的征收、使用与管理
生态林业补偿费由各级人民政府的林业行政主管部门负责征收。林业主管部门可委托水利、电力、交通、供销、税务和风景旅游区的管理部门代征，按季转拨林业主管部门，由林业主管部门付给适当的代征手续费。
关于使用与管理，凡大中城市征收的森林生态和社会效益补偿费，原则上应将其中的大部分上缴国家林业局作为中央级林业基金，由国家林业局统筹安排使用。剩余部分可纳入地方林业基金分级管理和使用。其他地方征收的森林生态和社会效益补偿费，大部分应反馈给提供森林生态和社会服务的经营单位，主要用于森林培育、管护和林政管理开支，剩余的可参照育林基金的分配办法，由省、地、县按比例分成，统一计划、统一调剂、分级管理。森林生态和社会效益补偿费，应主要用于各类防护林、自然保护区、风景林和生态环境保护林等的保护和建设。森林生态和社会效益补偿费的征收、使用和管理，应由同级审计和财政部门监督。