随着建设社会主义新农村这一新的历史任务的提出，对农村政治、经济、文化、环境等各方面产生了深刻的影响，面对这些新的变化，农村基层党组织建设必须积极应对，通过完善机制、改善环境、加强自身建设，提高党组织领导农村发展的能力，在新农村建设中切实发挥好主导作用和政治保证作用。
一、深化改革，优化基层党组织工作环境
一要适应农村社会环境变化的趋势，重新谋划基层党政组织设置，增强基层党政组织对农村社会的整合力。要着眼交通日趋便利、政令传递渠道日益畅通的实际，调整乡镇行政区划，撤乡并乡建立中心镇；要顺应乡政村治的历史潮流，着眼农村产业行业协会日益壮大的现实，大力撤村并村建立中心村，并依托农村行业协会加强基层党组织建设，从而构筑中心镇加党政机关、中心村加村级组织、协会加党支部的纵横交织的农村党政组织设置新格局，优化党执政的基层组织结构，使党始终掌握农村工作的主动权。
二要结合乡镇行政区划调整，构建实体性基层政权，增强基层组织对农村社会的控制力。机构上，要结合中心镇的建立，大力推进乡镇机构改革，该精简的要坚决精简，该推向社会的要坚决推向社会，尤其要剥离不再是农村公益事业服务主体的“七站八所”，从体制上解决“收费养人、养人收费”的问题；该加强的要坚决加强，尤其要将公安、法院、工商、税务等国家强制力机构延伸到乡镇，提高基层执法部门依法处事的能力。人员上，要精减县级执法机构的机关人员编制，增加基层执法机构人员编制，让执法干警从城市回归农村，要将一些优秀的行政干部依据所学专业和本人志愿充实到各基层执法机构，增强基层政府依法协调农村矛盾的能力。经费上，要加强财政转移支付力度，该财政供养的要坚决保证供给，该退出财政供养序列的要坚决退出财政供养序列，做到机构人员下沉，财政供给上收，避免与民争利。要像加强大中城市建设一样，重点加强农村中心镇建设，完善各项设施，丰富基层干部群众的文化生活。
三要适应农村税费改革的需要，调整国民收入分配格局，逐步实现公共财政覆盖农村并向农村倾斜。当前，要加大中央财政支付转移力度，着力解决农村无法解决的债务问题、公共建设投入的问题，让基层轻装上阵，把基层党政组织从困境中解脱出来；同时，建立稳固的基层党建活动经费渠道，解决基层党组织无钱办事的问题。
二、完善机制，加强基层干部队伍建设
一要创新基层干部录用机制，增强基层的“造血”功能。坚持每年拿出一定的名额，面向35岁以下、大专文化，任村主职5年或任村干部10年的人中公开选拔一批公务员充实乡镇，激励基层干部扎根基层；坚决实行省级以上党政机关从具有2年以上基层工作经历的高校毕业生中考录公务员的办法，鼓励高校毕业生到基层工作，实施“人才反哺”工程，为基层留住一批热心基层、安心基层的人才，解决基层干部青黄不接、后继乏人的问题。
二要创新基层干部的激励机制，增强基层“护血”功能。要优先选拔优秀乡镇党委书记担任县处级党政领导干部，注重从有基层工作经历的高校毕业生中选拔县处级以上党政领导干部，鼓励干部到基层建功立业；任乡镇党政正职9年（其中党委书记任满一届）且政绩突出的干部，可享受副县处级待遇，部分特别优秀的大型乡镇党委书记，还可以破格提高政治待遇，延长基层干部的“政治生命”，稳定基层干部队伍。要建立村干部任中激励机制，可视财力将村党支部书记工资纳入乡镇统筹，区县(市)予以补助；要建立村干部任后保障机制，对连续任职多年且政绩突出的村党支部书记给予养老保险奖励或退职补贴，解决后顾之忧。
三要创新村干部储备机制，增强基层的“补血”功能。要加强地方与学校的联合，对部分成绩比较优秀、有志于基层工作的在校大学生和高中在读学生进行重点培养，为基层超前储备一批人才；要采取军队和地方联手方式，在保证军队人才需要的同时，对优秀农村入伍战士，加大农村相关知识和实用技术培训，通过部队为基层有计划地培养一批人才；要采取基层党组织和劳务输出中介组织合作的方式，有组织地输出部分青年农民到沿海发达的农村进行“打工”深造，作为村级后备干部培养。
三、创新思路，提升党员教育管理水平
一要注重调动党员的内在动力。在组织党员开展学习、参加活动时，要克服填鸭式、强制式，一味要求党员服从命令、纯粹奉献的做法，真正关心党员的内在需求，使他们能够得到文化知识、经济利益、政治权利，以及社会声望等方面的实惠，使党员发挥先锋模范作用与实现党员自我发展有机的结合起来，增强教育管理效果。
二要改进教育管理手段。要运用远程教育等新兴手段扩大党员教育范围，提高教育质量；要充分利用农村专业合作组织等新兴载体开展教育管理，按地域相近、志趣相投、专业相符的原则进行分类指导；要重视党员的自我教育和自我管理，使教育管理活动由党组织集中直接组织为主向间接引导为主转变，降低教育管理成本，提高教育管理效率。
三要完善教育管理机制。要健全党员教育管理的考核、评比机制，使党员教育管理工作实现规范化、制度化、经常化；要创新发展党员机制，注重从务工返乡青年、复退军人、大中专毕业生、经济大户中发展党员，改善现有党员结构；要加强农村企业、专业合作组织从业人员中党员的教育管理，使之成为高素质农村党员的代表。
四、改进方法，增强基层党组织凝聚力
一是进一步改进做群众工作的方法。在推进新农村建设的过程中，基层党组织要认清形势，把握规律，运用开放的思维、灵活的方法，提高工作的针对性和实效性。要提倡见微知著、抓早抓小的方法，做到问题早发现、早预防、早解决；要提倡统筹兼顾、重点突破的方法，既会具体问题具体分析，又善于抓主要矛盾，抓矛盾的主要方面；要提倡情理并用、疏导调理的方法，要多做化解矛盾、理顺情绪的工作，多做得人心、暖人心、稳人心的工作，以情感人，以理服人，把群众工作做深、做细、做实、做好。
二是进一步扩大基层党组织的覆盖面。以规模以上民营企业为重点，抓好“两新”组织党组织的组建工作，不断扩大党的工作覆盖面；积极探索党组织发挥作用的途径和办法。实施“双培双推”工程，把生产经营能手培养成党员，把党员培养成生产经营能手，把经营管理层中的优秀党员培养推荐成党务干部，把优秀党务干部推荐进入管理层。特别是要将农村专业合作组织、农村产业带头人等新群体纳入工作范围。要进一步创新党组织的设置模式，通过撤销、合并、新建、调整等措施进一步健全组织、理顺关系、强化管理、拓展领域，确保党建工作“全覆盖”。
三是进一步改进基层党组织工作方式。要紧扣发展这一核心，充分发挥农村基层党组织在发展农村经济中的战斗堡垒作用；要着眼和谐这一重点，充分发挥农村基层党组织在加强农村精神文明建设中的战斗堡垒作用；要依靠群众这一主体，充分发挥农村基层党组织在推进民主管理中的战斗堡垒作用。要使农村基层党组织从包办一切的琐事中解放出来，集中精力抓好全局性的工作，发挥好领导核心的作用；集中精力抓好思想引导、组织动员工作，发挥好政治保障作用，要强化服务协调职能，不断增强农村基层党组织的凝聚力。