检察机关在惩治商业贿赂犯罪工作中，既要依法履行检察职能，认真查处案件，又要充分认识商业贿赂问题的复杂性和办案工作的敏感性，要站在全局的高度，从维护改革发展稳定大局出发，以科学发展观为指导，正确处理好以下几个关系。
一、正确处理打击与保护的关系
查处商业贿赂犯罪是检察机关的神圣使命，同时，检察机关也有义务保护当事人、发案单位的合法权益。检察机关只有正确处理好了打击与保护的关系，在做好保护工作的前提下，加大打击力度，才算是真正正确地履行了自己的职责。
正确处理查处犯罪与保障人权的关系。首先，应当加大查处商业贿赂犯罪的工作力度，保障最广大人民的“人权”。应当认识到，对犯罪的查处就是对最广大人民“人权”的保护。检察机关必须始终保持查办案件的工作力度，才能增强教育的说服力、制度的约束力和监督的威慑力。其次，应当依法保护犯罪嫌疑人及其他与案件有关人员的正当权益。在办案中，检察机关应当严格依法行使职权，不得非法采取搜查、扣押、冻结等侵害犯罪嫌疑人和其他与案件有关人员合法权益的侦查行为；办案人员应当文明执法，要充分尊重犯罪嫌疑人和其他与案件有关人员的人格尊严，以文明的办案作风和扎实细致的工作态度开展侦查工作。
正确处理查处犯罪与保护发案单位正当利益的关系。检察机关对发案单位“蛀虫”的查处，既可以清除腐败分子，还可以帮助发案单位挽回因腐败而造成的损失，更可以帮助发案单位查补漏洞，完善工作制度，促使其工作走上良性循环的轨道。可以这么说，对腐败蛀虫的查处，从长远来看，这本身就是维护了发案单位的正当利益。另外，检察机关要注重办案的策略和方法，应当做到以下几点：一是不轻易查封发案单位账目和银行账户，慎重扣押涉案款物；二是保守发案单位的商业秘密；三是到发案单位调查取证不是必需就不穿制服、不开警车、不鸣警笛，一般不当众公开传唤犯罪嫌疑人；四是及时与发案单位及其主管部门沟通联系，做好衔接工作；五是对追缴的赃款赃物，依法该返还的及时返还，努力为发案单位挽回经济损失；六是到发案单位进行搜查时，尽可能不在上班时间进行。
二、正确处理惩处与预防的关系
惩处与预防是有效治理商业贿赂犯罪的两剂良方。要想有效地治理好商业贿赂犯罪，就必须做到惩处与预防并重。
查处犯罪与开展个案预防相结合。一般情况下，检察机关在所查办的商业贿赂犯罪案件结案后，应当针对发案单位存在的问题进行深入分析，及时提出建议，帮助发案单位及其主管部门整章建制，制订一套预防犯罪的有效机制，推动发案单位的廉政建设。特殊情况下，只要条件成熟或预防需要，可以针对办案中发现的问题，一边办案一边提出建议，积极推动商业贿赂专项治理工作的深入开展。
特殊预防与一般预防相结合。查处犯罪是特殊预防，运用查处的犯罪案件开展好对其他人的法制教育和警惕工作是一般预防。检察机关应当充分运用已查办的商业贿赂犯罪案例，采取灵活多样的形式，开展好对广大国家工作人员的廉洁自律教育工作。首先，要用发案单位工作人员的“身边事”来教育“身边人”，要在发案单位深入分析、讨论犯罪嫌疑人走向犯罪深渊的主客观原因，组织大家商讨预防犯罪的有效办法。其次，检察机关的职务犯罪预防部门应当广泛开展好对广大人民群众尤其是国家工作人员的法制宣传与教育活动。第三，职务犯罪预防部门应当在商业贿赂易发、多发的行业有针对性地开展专项预防工作。第四，职务犯罪预防部门应当进一步加强与相关工作部门的联系，建立有效预防商业贿赂的长效机制。
三、正确处理法律与政策的关系
依法办案与贯彻刑事政策相结合。在惩治商业贿赂犯罪工作中，检察机关必须严格依法办事，依法区分罪与非罪、此罪与彼罪、罪轻与罪重、个人犯罪与单位犯罪的界限。同时，由于治理商业贿赂犯罪工作的专业性、政策性都很强，稍有不慎就会影响社会稳定和改革发展的大局，因此，检察机关又必须将党和国家的刑事政策贯彻到办案工作中去。
处理好依法从严与依法从宽的关系。要正确运用宽严相济、区别对待的刑事政策。对于在自查自纠中主动向单位、行业主管（监管）部门讲清问题，或者直接到司法机关自首的，或者积极检举揭发商业贿赂和其他犯罪，有立功表现的，应当依法从轻、减轻或者免予追究刑事责任。可追究可不追究刑事责任的，可不予立案；对于依法确应立案，只要不妨碍诉讼活动顺利进行的，可不采取拘留、逮捕措施；对于可诉可不诉的，可以不起诉。对于隐瞒犯罪事实、毁灭证据、订立攻守同盟、负案潜逃等妄图对抗侦查、逃避法律追究的，要坚决依法从严惩治，坚持突出重点，打击极少数，教育挽救大多数。
四、正确处理重点与一般的关系
要突出办案重点。惩处商业贿赂犯罪案件，应当突出办案重点，着力查办下列案件：一是发生在重点领域的商业贿赂犯罪案件。重点查办工程建设、土地出让、产权交易、医药购销、政府采购、资源开发和经销等领域以及出版发行、银行信贷、证券期货、商业保险、电信、电力等行业的商业贿赂犯罪案件。二是国家公务员利用职权索取和收受商业贿赂的犯罪案件。三是严重破坏市场经济秩序、损害人民群众切身利益的商业贿赂犯罪大案要案。对为谋取不正当利益而大肆行贿、拉拢腐蚀国家工作人员、危害严重的行贿犯罪，也要依法惩处。
要坚持有案必办。在突出办案重点的同时，检察机关还必须坚持有案必办，不允许有案不立、压案不查。对于重点领域、重点案件以外的案件线索，也要注意精心收集，力争在中央确定的重点领域以外找到新的突破。既要严肃查处大案要案，又不能忽视小案。优先查办大要案件的同时，也要注意以大案带小案，抓小案挖大案。要增强侦查意识，注意从那些看似小案的线索中深挖大案要案和窝案串案。
五、正确处理好内部合作与外部协调的关系
检察机关应当做到加强内部合作与加强外部协调并重。
加强内部合作，形成工作合力。惩治商业贿赂犯罪是整个检察机关的神圣职责，仅靠反贪部门的力量是远远不够的。应当加强检察机关各有关职能部门的合作，形成打击商业贿赂犯罪的合力。
加强外部协调，扩大反腐阵营。治理商业贿赂专项工作是党中央部署的一项带有全局性的重要工作，各级党委、政府都非常重视。检察机关应当以治理商业贿赂专项工作为契机，大力加强外部协调工作，扩大反腐阵营，争取有力支持。一是要在党委及治理商业贿赂领导小组的统一领导下开展工作；二是要加强与纪委、审计、公安、法院等职能部门的配合；三是要加强与有关行业主管、监管部门的联系沟通，建立情况通报、线索移送等协作配合机制，争取最广泛的社会支持。