建设社会主义新农村是一项系统工程和长期任务。各地都在积极探索适合自身实际的新农村建设之路，形成了多种建设模式，涌现了大批成功典型，积累了许多有益经验。然而，从各地的具体实践来看，建设过程中总不可避免会遇到一些普遍性的问题和矛盾，如：新农村建设工作的长期性与创造阶段性成果之间的矛盾，农民作为投入主体与不增加农民负担之间的矛盾，充分尊重农民意愿与少数群众不理解之间的矛盾。
着力破解工作任务长期性与创造阶段性成果之间的矛盾。新农村建设是一个长期历史任务。既有近期急需完成的工作任务，也有必须历经长期努力才能逐步实现的远景目标。远景目标就是要建设繁荣、富裕、民主、文明、和谐的现代化新农村；近期目标就是要从农民群众最关心、最直接、最现实的利益问题入手，切实解决好农业增效难、村庄整治难、农民增收难、就业难、就医难等最迫切的问题，使新农村建设有阶段性看得见的变化。新农村建设是一项长期任务的性质，决定了它不可能一蹴而就，必须把近期、中期和长远的建设目标统一起来，坚持以远期目标为导向，从近期目标着手逐步实现各个阶段性目标任务；必须注重抓好示范、树立典型、积累经验，从群众最积极、干部最主动、条件最成熟的村抓起，先易后难、因地制宜，以阶段性成果促进新农村建设的整体推进。
着力破解农民作为投入主体与不增加农民负担之间的矛盾。建设新农村，投入是关键。在新农村建设中得实惠的是农民，农民自然而然地成为投入的主体。从农村的具体情况看，单靠农民自身积累来建设新农村，那将是一个漫长的过程，且在短时间内也很难取得阶段性成效。因此，必须建立一套较为完善的投入机制，既让农民的投入主体地位得到充分体现，又尽可能地不增加农民负担。这一投入机制的核心就是政府主导、农民主体、社会各界广泛参与。政府的投入量不是最多，主要起着“四两拨千斤”的作用、起着激励导向的作用。从相关政策看，中央提出“工业反哺农业、城市支持农村”的方针，坚持“多予少取放活”的原则，不断加大政府投入的力度，有效扩大公共财政覆盖农村的范围，主要是强化政府在新农村建设中的主导作用，使政府扶持与发挥农民的主体作用更好地相结合，并不是包办代替，更不是否定农民的主体地位。如何正确处理好“主体”与“主导”这二者的关系,就是要解决好“谁来干”和“怎么干”的问题。在“谁来干”的问题上，就是要充分调动农民的积极性，真正发挥广大农民在新农村建设中的主体作用，使农民由被动地等、靠、要转变为主动要求、主动请战，成为建设自己家园的强势力量。要引导广大干部和农民群众形成这样一种共识：建设必须投入。因此，新农村建设要形成政府加大投入、农民自主投入、工业反哺农业、城市支持农村、各方力量热诚支持的建设格局。
着力破解充分尊重农民意愿与少数群众不理解之间的矛盾。尊重民意，既是新农村建设的基本准则和要求，也是科学发展、和谐发展的具体体现。充分尊重农民意愿，不能单纯地以政府的意图和专家的意见代替农民的想法，必须把各方面的意见综合起来考虑。新农村建设不等于新村建设，不能搞大拆大建；城乡一体化也并不是城乡一样化，必须着眼承受能力和农村特色，体现美观实用合理的原则，必须以农民“愿不愿意、满不满意”来衡量新农村建设开展好坏的标准。各个新农村建设点的具体情况千差万别，其内部的自然条件也各有不同，要使广大农民群众百分百满意是很难办到的。在建设过程中，实现求同存异、步调一致，而又保证绝大多数人满意，就必须坚持“从群众中来，到群众中去”的基本路线，深入调查研究，认真听取群众的意见、要求、呼声，在此基础上形成具有良好群众基础的思路决策，然后通过政府组织、引导、指导、服务，使决策变成广大农民群众的一致行动，并最终落到实处、见到实效。