笔者认为，这两种制度的区别主要表现在以下几个方面：
一、操作程序的规范性方面存在不同。行政复议已经由《中华人民共和国行政复议法》加以严格、明确的规定，形成了法定的程序。但行政申诉程序目前还没有明确、统一的规范性文件来调整。与行政复议相比较，在受理、裁决等程序方面更为灵活。在处理时限上，对行政申诉也没有明确的规定，主要由处理机关灵活掌握。
二、两种制度审查处理的对象和救济的范围存在差异。行政复议的受案范围已经由《中华人民共和国行政复议法》作出了明确规定，主要以具体行政行为来确定受案范围。行政申诉的受案范围则要宽广一些，比如，国家工作人员对所在机关的行政处分等内部行政行为不服，或者其他人员（比如教师）对相关组织的处理不服，都属于行政申诉的受案范围。
三、两种制度关于提出申请的条件和要求不同。公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请。而公民、法人或者其他组织提出行政申诉申请，大多是在法定期限内没有选择行政复议或行政诉讼等救济途径的。比如，根据《中华人民共和国海关办理申诉案件暂行规定》的规定，公民、法人或者其他组织不服海关作出的具体行政行为，但在法定期限内没有选择行政复议或行政诉讼等救济途径的，可以向海关提出申诉。《中华人民共和国行政复议法》也规定，不服行政机关作出的行政处分或者其他人事处理决定的，依照有关法律、行政法规的规定提出申诉。