我们在对乡镇纪委案件质量检查中发现，由于办案人员工作态度、自身业务能力等因素影响，案件质量存在一些不容忽视的问题，突出表现在以下几个方面：
1、证据不足就定案。一是缺少主要证据，甚至孤证定案。如某单位2005年度查处的11个基层所长违规挤占、挪用农业发展资金案：唯一证据就是县农业发展银行的调查报告，并依此分别给予行政处分。二是证据之间矛盾没排除就定案。如某单位查处计生专干主某失职案：处分决定以主某于2005年三次双查时骗说陈某、单某（夫妻关系）已办理《流动人口计划生育合同》，错误认为单某从外单位开出的虚假妇检证明有效，造成单某2005年6月超生一胎错误。按《中国共产党纪律处分条例（试行）》第113条以失职错误给予处分。有关书证和言证各取了十几份，但到底是“骗说”、弄虚作假，还是工作失职造成超生，却没有查清。
2、定性量纪不准确。一是案件定性不准。如某镇处理小学校长吴某贪污案：该镇教育办公室误将其他学校交款3000元记入该校，吴某得知本校帐上多出3000元后，就安排会计用白条列支3000元平帐，待到教办落实后再处理。该镇纪委认为是合伙贪污行为，以贪污定性并作出相应党纪处分。二是引用条规不当。村计生专干、村民组长侵占公私财物案引用党纪处分第五十七条，定为贪污的现象较多。三是处理倚轻倚重。如某镇1名村会计漏交农业税329.36元，该镇即给予撤职处分；1名村支部副书记赌博，一次赌资就在5000元以上，只给予警告处分。
3、办案程序不规范。在检查环节，一是收集证据不规范，有的用引诱、欺骗的手段收集证据，谈话笔录中，谈话人引诱痕迹明显。二是调查取证由1人进行，谈话人和记录人为同一人名。三是询问笔录或错误事实见面材料无被调查人意见。四是调查报告日期在错误事实见面材料之前。五是个别案件没有审理谈话，支部处分决定无被处理人意见等。
笔者认为，要想提高基层纪委案件质量，办案人员必须以邓小平理论和三个代表重要思想为指导，紧密联系实际，牢牢掌握、灵活运用纪检监察基本知识及现代经济、金融、法律、科技、管理等知识，不断提高自身政治素质和业务素质。同时，要建立三项制度，严格把好“三关”：
1、建立立案报批制度，把好立案关。
按照案件管辖权限，镇纪委自办案件的立案审批权在乡镇纪委或党委政府，由于主客观因素影响，党委政府往往对立案把关不严，甚至仅凭主要领导人一句话就立案查处有关人员。因此，要建立严格的立案报批制度，即对于受理的反映违法违纪问题的线索和材料，必须通过初查，认为确有问题存在，需要追究责任的，方可提交立案。并及时将违法违纪事实及其证据材料上报县纪委案件检查部门审查把关，通过审查符合立案条件的方可按程序立案调查。
2、建立案件协查制度，把好证据关
证据是案件的基础，对于纪检监察机关查办案件起着决定性作用。一切调查活动都是围绕证据进行的。因此，办案人员要根据每个问题发生的过程和环节，按照合法程序，取足相关证据。同时，对所涉及的证据材料进行对照、分析，去伪存真。并根据问题发生的背景、主客观因素、情节、责任、危害，进行由此及彼、由表及里的剖析，作出符合客观实际的体现其本质的结论。由于乡镇纪委办案力量较薄弱，对于复杂或疑难案件难以独立完成，因此，要建立案件协查制度，由上级纪委直接派人下乡指导，协助调查或是组织邻边乡镇纪检干部到案发单位帮助调查。这样，既能提高办案效率，又能保证案件证据充分。
3、建立协审会商制度，把好审理关
对于一般案件，调查终结后，要经过审理小组讨论把关，严格按照办案“二十四字”要求进行案件审理。对于大、要案，疑难或复杂案件，乡镇纪委把握不准的，要在审理小组讨论后，提交党委政府研究前，将案件材料报上级纪委进行协审会商，力求准确定案。同时要保证协审会商意见的落实，如有变动，必须征得上级纪委审理室同意，不能有任何的随意性。