农村基层组织建设是党的建设的重要组成部分，是党的建设这个伟大工程的基础工程之一。实施这一基础工程，涉及到农村的各级组织和农村工作的方方面面。在实际工作当中，要注意处理好以下四个方面的关系。
一、要正确处理农村基层组织建设与经济建设的关系
坚持以经济建设为中心是党的基本路线的核心内容，我们的各项工作都必须服从服务于这个中心。从当前农村的实际情况看，最重要、最紧迫的任务就是大力发展农村经济，实现共同富裕和农村两个文明的共同进步，这是广大农民群众的根本利益所在，也是党在农村各项工作的中心。农村经济的发展，农村社会的文明和进步，都必须发挥农村党的基层组织的战斗堡垒作用。农村基层组织是党联系农民群众的桥梁和纽带，是党在农村全部工作的基础。党在农村的各项方针政策要靠农村基层组织带领农民群众去贯彻、去落实，党在农村的各项任务要靠农村基层组织去完成，农村中出现的各种矛盾和问题要靠农村基层组织去解决。只有把农村基层组织建设好了，农村的改革、发展和稳定才会有可靠的组织保证。多年的实践也一再证明，经济建设是中心，但离不开农村基层组织卓有成效的工作；农村基层组织建设是搞好经济工作的保证，但又必须服从服务于经济建设。一些地方和单位的经济发展之所以既快又好，关键就是那里的基层组织建设抓得好、过得硬，建设了一批敢打硬仗的强班子。相反，那些经济比较落后的地方和单位，一个共同的原因就是基层组织战斗力不强。因此，把农村基层组织建设与经济建设割裂开来，甚至对立起来，是错误的、有害的。既不能孤立地就基层组织建设抓基层组织建设，忽视或放松经济建设；也不能就经济抓经济，忽视或放松基层组织建设。正确的态度应该是“两手抓，两手都要硬”，把两者很好地结合起来、统一起来。
二、要正确处理集中活动、集中整顿与做好经常性工作的关系
针对农村基层组织和党员、干部队伍中存在的突出问题，集中时间、集中精力，进行集中教育整顿，这是加强农村基层组织建设的当务之急，也是近年来加强农村基层组织建设的成功经验。但是应该看到，农村基层组织建设面积量大，是一项长期而艰巨的任务，不可能劳永逸。集中教育整顿之后，如何巩固和发展集中整顿的成果，怎样抓好经常性的工作，显得更为重要。各级党委必须在突出重点的同时，立足于经常性工作，常抓不懈，持之以恒，决不可抓抓停停，时紧时松。做好经常性的工作，就要经常地对党员、干部进行教育和培训，不断提高他们的思想政治素质和业务素质；要经常地进行督促检查，及时发现问题，抓紧解决问题；要经常地发现和培养积极分子，及时把优秀分子吸收到党内来，不断增强党的生机和活力；要经常地开展批评与自我批评，发扬正气，抵制歪风，严肃纪律，密切党群、干群关系。做好经常性的工作，最根本的是要建立和坚持一整套抓基层组织建设的工作制度。但从目前的情况看，农村基层组织建设中制度建设抓得不够和执行制度不严的问题，仍然比较突出。一方面，制度不健全、不完善。另一方面，执行制度不严格。有的是虎头蛇尾，落实不够；有的只是写在纸上，挂在墙上，应付上级，没有真正按制度办事。为了切实提高农村基层组织建设水平，必须在进一步加强制度建设上狠下功夫，把经常性的工作纳入制度化的轨道。
三、要正确处理思想建设与组织调整的关系
思想建设是组织调整的前提和基础，组织调整是思想建设的延续和保证。就农村基层组织的总体来看，现在要解决的带有普遍性的问题，是强化思想教育、提高干部和党员的思想政治素质。与此同时，对那些年龄偏大、文化偏低、能力较差的干部和那些不团结、不协调、软弱涣散的班子，也要进行适当的组织调整。但在组织调整的过程中，必须从思想教育入手；换人以后，也要注重提高班子成员的思想政治素质。要把加强思想教育，提高政治素质，贯穿于基层组织建设的全过程，并作为重点工作来抓。针对农村党员干部存在的问题，集中抓好理想、信念教育和胸怀大局的教育，正确看待和处理眼前利益和长远利益的关系，国家、集体和个人利益的关系；抓好党的基本路线和基本方针的教育，进步深化农村改革，促进经济发展，维护社会稳定；抓好党的实事求是思想路线的教育，坚持从实际出发，把工作热情与科学态度有机地结合起来；抓好群众观点、群众路线的教育，坚持全心全意为人民服务的宗旨，积极主动地为群众排忧解难；抓好纪律和法律教育，增强遵纪守法和维护法纪的自觉性。通过深入的学习、教育，使广大农村党员干部成为贯彻执行党的路线、方针、政策的引路人，领导农民发展经济、脱贫致富奔小康的带头人，识大体、顾大局、依法办事的明白人，关心群众冷暖安危、为群众办实事的热心人，实事求是、作风正派、廉洁奉公的老实人。
四、要正确处理抓乡镇组织建设与抓村级组织建设的关系
乡镇和村级组织都是农村基层组织，两级组织都要加强。但是，由于乡镇和村在农村基层组织中的职能、地位、作用不同，因此抓乡镇与抓村的要求与侧重点也应有所不同。村级组织是党在农村最基层的组织，上级党委、政府下达的各项任务目标，要靠村级组织团结、带领农民群众去完成、去落实；农村出现的各种矛盾和问题，要靠村级组织去化解、去解决。乡镇这一级是党和国家最基层的政权组织，是农村基层组织的“龙头”，对村级组织建设负有直接责任，发挥着特殊的作用。大量事实证明，乡镇领导班子特别是乡镇党委班子坚强有力，以党支部为核心的村级组织建设就能搞得好，差村可以变好，强村可以更强；相反，乡镇班子建设不好，必将直接影响村级组织作用的发挥，好村很可能被带坏，后进村的问题更没人去解决。因此，“治下必先治上，治村必先治乡”。抓好村级组织建设，必须首先把乡镇这一级组织建设好，特别是要把乡镇领导班子，尤其是乡镇党委的领导班子建设好。要切实加强乡镇领导班子的组织建设，配强乡镇党委班子，选好“一把手”，真正把乡镇党委建设成为农村各级组织和各项工作的领导核心，使乡镇党委切实担负起抓农村基层组织建设的直接责任，真正发挥好“龙头”作用。