加强制度建设，实施科学、规范的管理，从源头上根治学术不端行为，是“十一五”期间，我国科技工作的重要内容。
加强科技项目全程管理
首先，建立统一的国家科技计划管理服务信息平台，构建网上科技计划管理“一站式”服务体系，实现国家科技计划项目的网上运作和管理。实行网上申报管理，立项决策和评审咨询相互分离，实行网上评审等制度，并加大竞争性项目的招投标力度，从源头上抓制止腐败的产生。
针对重复立项、多头“交账”的现象，建立能够覆盖相关部门的国家科技计划项目信息数据库，建立相关部门参加的联席会议制度，提高科技计划决策与管理的科学性与权威性。此外，出台《科学技术评价办法》（试行）。提出针对不同性质的科研活动建立不同的评价导向。在科技计划管理上，把创造知识产权和技术标准作为国家科技计划评审的主要依据，更加注重项目的创新性、取得专利的水平。
完善评审专家机制
针对原有的评审专家机制存在的专家评议制和信誉制度不够完善，在一些评价活动中存在重人情拉关系、本位主义等现象，“十一五”科技规划提出要进一步完善专家评审机制。
“十一五”期间，将建立统一的国家科技计划项目咨询、评审和验收专家库，扩大战略专家和一线专家参与的比例。通过专家库随机抽取制、定期轮换制、涉嫌回避制和专家信誉制等措施，进一步完善专家参与国家科技计划管理机制，避免人情项目和专家小圈子对评审、评价活动的直接干预。
建立诚信制度
科技部已会同有关部门正在研究制定科技计划信用评价指标体系，建立信用管理数据库，进一步增强项目参与专家、评审专家的责任意识。在国家科技计划的立项、预算、验收等各关键环节中，对各相关机构、主要承担单位和责任人，以及咨询、评审专家等进行信用记录和信用评价，并将其信用状况作为选聘和决策的重要依据。
此外，按照“标本兼治”的原则，在加强科研诚信教育的同时，依据《国家科技计划实施中科研不端行为处理办法（试行）》的规定，对科研不端行为进行查处。
严格经费监管
第一，加强制度建设，实现科技经费监管的制度化和长效性。制定十余项制度办法，实现了一个计划（专项）一个经费管理办法，提高经费管理的制度化水平。规范科技经费执行中存在的共性、突出问题，建立了科学有效的过程管理监督机制。
此外，要推行问效问责制度，强化项目责任制，加强监督。对按照层级目标确定的各责任主体进行跟踪考核，以绩效评估为基础，对计划项目目标完成不力或管理不善者追究相应的责任。