1、学习制度。农村工作指导员要坚持学习邓小平理论、“三个代表”重要思想、党的十六大和十六届三中、四中全会精神，学习党在农村的各项方针政策，学习与农村经济社会发展密切相关的市场经济、法律、科技文化等方面的知识，不断提高理论、政策和工作水平。党员农村工作指导员要认真参加派驻村党组织生活和学习活动，指导村级党组织抓好党员的教育培训。农村工作指导员要将所驻村干部和群众的思想教育作为一项重要工作。
2、目标管理制度。每年初，农村工作指导员要根据所驻村的实际情况，定当年为群众办的实事，定为群众解决的热点、难点问题，向群众做出承诺，经乡镇党委审批后组织实施;年底向群众“交帐”，由村民对乡镇领导班子、村干部、农村工作指导员及其派出单位的工作进行评议。对农村工作指导员的工作情况由市、县（区）组织部门进行考核，考核结果记入个人档案，同时与派出单位的年度目标考核挂钩，“捆绑”考核。
3、定期汇报工作制度。农村工作指导员要积极主动地向乡镇党委请示、汇报工作，同时应坚持每月向派出单位汇报一次工作，以争取派出单位的支持；每季度向县（区）领导小组办公室汇报一次工作，反映存在的困难、问题和建议；重大事情、特殊情况可同时直接报告市领导小组办公室。市、县（区）领导小组办公室要定期听取汇报，经常检查农村工作指导员的工作，随时通报工作进展情况和发现的问题，年底对农村工作指导员工作进行一次总结。
4、考勤和请销假制度。农村工作指导员驻村的时间，由村党支部考勤、乡镇党委检查。农村工作指导员驻村期间，有事应当向乡镇党委和村党支部请假。3天以内，由村支部书记准假；3-7天，由乡镇党委书记准假；7天以上，由县（区）领导小组办公室准假。农村工作指导员请假到期后，要及时向批准人销假。对无故脱岗或不到岗的，视情节轻重给予严肃处理。
5、走访农户和调查研究制度。农村工作指导员每年应对全村农户至少走访一遍，了解群众的生产、生活和普遍关心的热点、难点问题。在调查研究的基础上，每年至少撰写一篇调研报告。
6、信息反馈制度。市、县（区）领导小组办公室要通过信息、简报、公布电话等形式和途径，畅通与农村工作指导员的联系，及时了解掌握情况，整理归纳反映的问题和意见、建议，该上报市、县（区）领导小组的，及时上报市、县（区）领导小组研究；该协调解决的，及时协调有关部门帮助解决；该总结、推广的典型经验和先进事迹，及时下发乡村党组织和农村工作指导员学习、借鉴。
7、督促检查制度。市、县（区）领导小组办公室和乡镇党委要定期、不定期地检查农村工作指导员驻村和开展工作的情况。
8、工作实绩考核制度。市、县（区）领导小组办公室要采取定性和定量相结合、工作实绩评估和群众评价相结合的办法，每年对农村工作指导员年度工作进行一次考核。在注重群众评价的同时，要将年度目标任务完成情况和现实表现作为考核的主要内容。
